鹽酸是一種強酸，它與某些金屬、金屬氧化物、金屬氫氧化物以及大多數金屬鹽類（如碳酸鹽、亞硫酸鹽等），都能發生反應，生成鹽酸鹽。因此，在不少無機藥品的生產上要用到鹽酸。

在醫藥上好多有機藥物，例如奴佛卡因、鹽酸硫胺（維生素B1的制劑）等，也是用鹽酸制成的。